Dada la importancia que tiene la flota de buques para la economía nacional, existe legislado desde antiguo en España un sistema de doble registro de buques.

Por un lado, el Registro de Matrícula (RD. 1.027/1989) de carácter público administrativo según el artículo 3, en él se anotan con carácter previo al Registro Mercantil la inscripción inicial del buque, desguace, pérdida, cambio de lista y nombre.

Por otro, el Registro mercantil (artículos 145 a 190 del Reglamento del Registro Mercantil de 1956) en el que se inscriben todas aquellas incidencias del buque que tengan efectos jurídicos privados, es decir, las transferencias de propiedad y actos creativos, modificativos o extintivos de cargas, gravámenes o hipotecas del buque. La inscripción de buques en el Registro Mercantil se hace en el que corresponda al distrito marítimo en que se halle matriculado el buque. Las inscripciones de uno deben ser transcritas en el otro para lograr una perfecta coordinación entre ambos.